Volgens het officiƫle classificatiesysteem kunnen de classificaties autisme en selectief mutisme niet tegelijkertijd gegeven worden. Bij kinderen met autisme wordt zwijgen in sociale situaties gezien als een kenmerk van de sociale communicatieproblemen die bij autisme horen.
Toch komt het ook bij kinderen met autisme spectrum stoornissen voor dat ze thuis goed kunnen praten, maar buitenshuis zeer angstig zijn en het niet of nauwelijks doen. In dat geval kan een gedragstherapeutische behandeling hen ook helpen, al moeten het programma en de doelen van de therapie voor hen worden aangepast.
Soms is het moeilijk om autisme en selectief mutisme van elkaar te onderscheiden. Kinderen met selectief mutisme vertonen in situaties buitenshuis vaak gedrag dat sterk lijkt op autisme: weinig oogcontact, een vlakke gezichtsuitdrukking, afwerend of teruggetrokken en behoefte aan controle. Thuis is hun gedrag echter heel anders. Soms wordt de diagnose autisme ten onrechte gesteld en veranderen deze gedragingen als een kind minder angstig wordt. In geval van twijfel kan de juiste diagnose pas betrouwbaar gesteld worden na behandeling van de angstklachten.